Dúvida sobre anexo do simples nacional

Eu tenho uma dúvida em relação a empresa de serviços. Uma empresa que tenha vários cnaes, tendo como o principal o cnae 43.99-1-03 Obras de alvenaria e vários outros como secundários. Vale ressaltar que a empresa embora seja uma construtora, só presta serviços de reformas e manutenções.
Bem, é um pouco pessoal a pergunta também. A contabilidade anterior tributava sobre o anexo IV e a contabilidade atual tributa pelo anexo III, mas não considerando a questão de fator R. Enfim, sou estudante e gostaria de saber que independente dos cnaes registrados, eu devo considerar mais o que a empresa realiza? E se nesse caso eu devo deduzir que a contabilidade atual considera o item IX (serviços de instalação, de reparos e de manutenção em geral, bem como de usinagem, solda, tratamento e revestimento em metais) do § 5º-B da Lei complementar 123?
Eu só gostaria de saber a opinião de vocês estudantes ou de pessoas que já trabalham na área, qualquer novo conhecimento sempre é bem vindo. Desde já eu agradeço. 

Lucas,

O CNAE 4399-1/03 é tributado pelo Anexo IV do Simples Nacional.
Fundamento Legal: Art. 18, § 5º-C, Lei Complementar 123/2016

gostaria de saber que independente dos cnaes registrados, eu devo considerar mais o que a empresa realiza?

Não. Você considerará todos os CNAE que a empresa utiliza.
Vamos supor que em dado período de apuração a empresa auferiu receitas oriundas de CNAE tributado pelo Anexo IV e também de CNAE tributado pelo Anexo III.
Nesse caso, na apuração do imposto, no PGDAS-D, você segregará essas receitas, informando cada montante de faturamento no seu respectivo anexo.
Dessa forma cada CNAE será tributado pelo Anexo que lhe cabe.
Não sei qual o embasamento a contabilidade atual usou para enquadrar no Anexo III, mas o parágrafo 5º-B, item IX não faz menção à obras da construção, o que já fica claro no parágrafo 5º-C, item I.

At.,

Boa tarde Daniel,

Agradeço demais pela resposta, que por sinal foi muito esclarecedor e também pela disponibilidade de seu tempo. Me ajudou demais nessa dúvida e desculpa pela demora em retornar seu comentário, eu quase esqueci de responder de volta para agradecer :D

Lucas,

Disponha! E sucesso na sua carreira