Estoque

Trabalho em uma empresa indústria/prestação de serviços , sendo que 2% produção e 98% e prestação de serviços, e na prestação se serviços usamos peças para a instalação , as peças são controladas no mesmo estoque do que peças e produtos usados na produção.
Mediante a apresentação acima o Estoque no envio da ECF tenho dificuldade pois na parte do custo fabricação propria esta misturado as peças usadas na prestação de serviços.
Gostaria de saber como separar os estoques ? ou alguma sugestão ?

Att,