comprovação fiscal de matéria prima

Boa tarde! Uma empresa que possui um terreno de onde extrai matéria prima para produção de tijolo, precisa comprovar com documento fiscal essa matéria prima?
E quanto ao confronto feito pela SEFAZ (notas de entrada x notas de saída), o que acontece, uma vez que a matéria prima é de uma área propriedade do empresário?  

Tínhamos um caso idêntico, isso há muitos anos. A empresa emitia nota fiscal de entrada.

Obrigada João!