Afonso,
Em princípio é necessário observar o princípio da entidade e da autonomia das pessoas jurídicas. Logo, não admissível a "confusão patrimonial" com a mistura de fatos contábeis. Por esse ponto de vista, o normal é que A faça o ressarcimento em favor de B da parte que lhe cabe nas despesas. Assim, a empresa B deve contabilizar a parte que lhe cabe como despesa e criar um "contas a receber" correspondente ao que irá receber de A. Por outro lado, a empresa A deve contabilizar a despesa que lhe cabe e constituir um passivo a pagar à empresa B.
Portanto, eu estou pressupondo que vai haver o reembolso por parte de A; se não houver reembolso, o valor integral da despesa é registrado por B. Se B for contribuinte do lucro real e assumir a despesa da A não poderá deduzir essa parcela na determinação do lucro real base de CSLL.