Empresa de Transportes

Olá, 
fui procurada por um cliente que é transportadora  de cargas CNAE 49-30-2-02 para fazer a contabilidade e uma análise tributária. Pois bem, a empresa é hoje do simples nacional e teve até agora um movimento bem pequeno de no máximo 80mil/ano. Ela recebe produtos de gênero alimentício para distribuir. Para realizar a distribuição ela gera uma nota de debito e  recebe em conta um valor em dinheiro para essa distribuição, ela contrata "agregados" que executam o transporte desses produtos, sendo pagos no final do processo.
Pois bem, nunca trabalhei com transportadora e estou com duvidas sobre a operação da nota de débito, ela é aceita pela legislação brasileira?
O fato de entrar o dinheiro total na conta pode gerar problemas com fiscalizações no futuro sendo considerado que o valor da nota de debito é o faturamento total da empresa?
Quais as legislações devo estudar para garantir não cometer nenhum erro?
Esses agregados deveriam emitir nota ou só o transporte basta?