Fornecedor comprado por outra empresa

Prezados, recentemente nosso despachante aduáneiro foi comprado e nos notificaram que os pagamentos deveriam ser feitos na conta da aquisidora, porém como trabalhamos com adiantamento para nossos processos, ainda tínhamos alguns em andamento. Nesta semana recebi a documentação para os processos em questão mas toda a documentação foi emitida no CNPJ da empresa aquisidora. Minha dúvida é: há algum problema eu realizar a movimentação no meu sistema desses valores adiantados (despachante comprado) para o novo despachante? Preciso de alguma documentação para suporte ou apenas o e-mail em que fomos notificados serve?

Desde já agradeço!