Empresas online que repassam pagamentos

Há muitas empresas online que fazem o serviço intermediário de gerar boleto de pagamento ou de abrir uma tela para entrada de cartão de crédito. 

Essas empresas não são nem o vendedor/prestador do serviço (que usam o site apenas para aproveitar as funcionalidades de meio de pagamento), nem o cliente final, e nem a instituição financeira/banco. Elas funcionam apenas como intermediárias entre as três partes, recebendo o pagamento do cliente, validando junto à instituição financeira e repassando o valor ao vendedor/prestador de serviço após reter uma porcentagem.

Minha pergunta é: como enquadrar este tipo de serviço com relação a Cnae?
E como é a tributação, considerando que a empresa recebe os pagamentos em sua conta corrente e ato contínuo os repassa ao vendedor, retendo uma porcentagem?