Prezada Adriana, bom dia!
Por ser uma questão apenas Financeira, creio que não há necessidade de envolver o Fiscal, apenas a Contabilidade. Quanto ao documento, nem precisa ser uma Nota de Débito, através de Memorando entre as Filiais você resolve a questão.
NA DATA DO PAGAMENTO
Contabilização de Pagamento na Filial /0001 (reconhecendo o empréstimo), de uma Despesa provisionada na Filial /0002:
31/01/X2
D - Empréstimos Entre Filiais (ATIVO-VALORES A RECEBER)...............1.000,00
C - Bancos Conta Movimento (ATIVO-DISPONÍVEL).............................................1.000,00
Contabilização de Baixa do Passivo na Filial /0002 (reconhecendo o empréstimo), de uma Despesa paga pela Filial /0001:
31/01/X2
D - Fornecedores a Pagar (PASSIVO-CONTAS A PAGAR).....................1.000,00
C - Empréstimos Entre Filiais (PASSIVO-CONTAS A PAGAR)................................1.000,00
APÓS A CONSTATAÇÃO DO ERRO, NA DATA DA DEVOLUÇÃO E ATRAVÉS DE MEMORANDO ENTRE AS FILIAIS
Contabilização da Devolução do Empréstimo pela Filial /0002:
05/04/X2
D - Empréstimos Entre Filiais (PASSIVO-CONTAS A PAGAR)...............1.000,00
C - Bancos Conta Movimento (ATIVO-DISPONÍVEL).............................................1.000,00
Contabilização do Recebimento do Empréstimo pela Filial /0001:
05/04/X2
D - Bancos Conta Movimento (ATIVO-DISPONÍVEL).............................1.000,00
C - Empréstimos Entre Filiais (ATIVO-VALORES A RECEBER)...............................1.000,00
Geralmente faço os lançamentos acima, pois essa situação de pagamentos indevidos também ocorre aqui. Opto por fazer a baixa do passivo originário, pois em alguns casos, são pagamentos de NFS-e, com retenção de 4,65%, onde o fato gerador é o pagamento. Utilizo também a sistemática acima, em casos de Folha de Pagamento, pois tenho fontes de recursos diversas para pagamento de uma única folha.