Em outros tópicos aqui do fórum, já vi pessoas falando de softwares contábeis gratuitos, que oferecem soluções limitadas, e podem começar a cobrar caso o contador demande de outras soluções. Particularmente eu não tenho experiência para opinar sobre os mesmos, mas tendo a pensar que deve ser muito mais eficaz do que controlar em excel (A não ser que você tenha um grande domínio e consiga estruturar um banco de dados nesta ferramenta que permita, inclusive, efetuar exportações em arquivo texto com layouts específicos).
Com relação ao registro do livro contábil: Caso a empresa não esteja obrigada a entregar a ECD, não vejo problema em elaborar o mesmo por meio de excel, word, ou outro software, desde que os mesmos sejam impressos, encadernados e assinados, e contenham o mínimo de informação necessária, tanto nos registros contábeis como nas demonstrações contábeis, plano de contas, e nos termos de abertura e encerramento.
Observação em relação a ECD: Você também consegue elaborar a escrituração contábil direto na ECD, sem, necessariamente utilizar um software pago, contudo, pode ser extremamente trabalhoso e você pode se expor a erros que não conseguirá identificar a menos que tenha um grande domínio no layout. Como aprendizado pode ser muito positivo, mas, reitero que muito difícil, a ponto de se tornar quase inviável.
Com relação a ECF, caso a empresa não for enquadrada do simples nacional e tenha movimentação econômica durante o ano-calendário, você será obrigado a entregar sob pena de pagar multa. Pode ocorrer da empresa estar obrigada a entregar ECF e não entregar ECD, e você, neste caso, consegue efetuar a elaboração da ECF manualmente através do software disponibilizado no site da Receita Federal.
Além dos fatos expostos acima, é necessário verificar as obrigações relacionadas ao e-SOCIAL, e como não tenho domínio no departamento pessoal, não consigo te informar se você consegue entregar as obrigações trabalhistas sem um software.