BAIXA DE ESTOQUE NA EMPRESA NO ESTADO DE MS

Olá!
Sou do estado de Mato Grosso do Sul, gostaria de saber como que funciona a baixa de estoque da empresa quando a mesma quer dar baixa no CNPJ, deve-se emitir notas até dar o valor do estoque, ou tem outra forma de dar baixa no estoque sem que seja cobrado algum imposto?
Desde já agradeço!