Precisa fazer acerto se mudar cnpj?

Trabalho em uma empresa textil, ai agora eles compraram outra fábrica e colocaram outro cnpj la e também vão trocar o cnpj da onde eu trabalho (fábrica 2)
Minha pergunta é: precisa demitir os funcionários e fazer acerto ou é so colocar na carteira de trabalho uma anotação? 
Obs: aonde trabalho tem 2 cartão ponto agora, um com o cnpj antigo e outro ja com o novo, tem gente que bate o dedo no cartão ponto novo e tem gente que bate o dedo no cartão ponto antigo