Prezado Rafael, bom dia!
Olhando para o pronunciamento técnico CPC 04 (R1) - ATIVO INTANGÍVEL, temos que analisar o seguinte:
Identificação:
a) O item possa ser separado da Entidade e vendido, transferido, licenciado, alugado ou trocado individualmente ou junto com um contrato, independente da intenção de uso pela Entidade; ou
b) Resultar de Direitos Contratuais ou outros Direitos Legais.
Controle:
A Entidade detém o poder de obter benefícios econômicos futuros e de restringir o acesso de terceiros a tais benefícios. Esta capacidade de controle, advém de Direitos Legais que possam ser exercidos num tribunal. Tal poder pode ser proveniente da Propriedade, da Posse com Exclusividade ou Posse com Restrição.
Benefícios Econômicos Futuros:
Os Benefícios Econômicos Futuros podem incluir desde a receita com a venda de produtos/serviços até a redução de custos ou outros benefícios resultantes do uso.
Conforme relatado por você, o que a empresa possui é uma LICENÇA DE USO, então neste caso você não deve tratar no INTANGÍVEL.
Você precisa verificar se tal licença possui vigência ou se este valor elevado refere-se a implantação do sistema e a empresa pagará um valor de mensalidade pela utilização do sistema. Outro ponto é com relação ao documento fiscal. As notas fiscais serão emitidas a cada pagamento ou já foi emitida uma nota fiscal no valor global?
1 - Considerando que possui VIGÊNCIA e NOTA FISCAL NO VALOR GLOBAL, você poderia ir amortizando.
2 - Considerando que não possui VIGÊNCIA e NOTA FISCAL NO VALOR GLOBAL (ou NOTAS FISCAIS A CADA PAGAMENTO), tratar diretamente como despesa.