Nota fiscal emitida incorretamente.

Uma empresa emitiu duas notas fiscais de devolução de compra para a mesma empresa e da mesma nota de compra. Ao invés da empresa fazer o estorno de devolução de compra de uma dessas notas ela acabou fazendo uma devolução de venda. No caso a natureza de operação da nota era para ser estorno de nf não cancelada no prazo mas acabou saindo como devolução de venda . Pode fazer uma carta de correção para mudar a natureza de operação dessa nota?

Olha acho que não, se fosse só o CFOP poderia desde que não mudasse os  impostos.
No seu caso se entendi direito foi feito uma devolução de venda - saída e o estorno de devolução de compra  é uma entrada.

Verifique junto a Sefaz a possibilidade de processo administrativo para cancelar a NF emitida indevidamente.