Nota fiscal para empresas de turismo

Boa tarde,

Tenho um cliente novo, porém não temos nenhuma experiência com empresas de turismo.
Possuo o seguinte questionamento, por exemplo:
A empresa vendeu passagens aéreas por R$ 1.000,00
Comissão R$ 100,00.
O cliente depositou os R$ 1.000,00 na agência da empresa de turismo, porém R$ 900,00 será repassado para a companhia aérea e R$ 100,00 ficará em caixa.
Não faço emissão de NF para o cliente final? Emito apenas NF de R$ 100,00 contra a companhia aérea?

Exatamente como você descreveu. Emite a NFS referente à comissão recebida, já que a agência apenas intermediou a venda. Para o cliente poderá ser emitido um documento não fiscal (recibo, contrato, etc).
A NFS só é emitida ao consumidor, quando a agência vende um pacote próprio, mesmo que nele estejam incluídos serviços prestados por terceiros, porém à agência. Por exemplo, ela contrata um transporte, ingressos para um parque/show, refeição, etc e vende em um único pacote, aos clientes.