Notas fiscais com a tributação incorreta.

Boa tarde. Cliente usa sistema de gestão em que os produtos estavam cadastrados todos como sendo de Substituição Tributária.
Isso inclui produtos que possuem o NCM como tributado, esses também estavam sendo emitidos com o CST 60 e o CSOSN 500.
Foi feita a correção no sistema próprio no dia 19 de dezembro e partir dessa data as notas fiscais passaram a ser emitidas corretamente.
Porém, há muitas notas de dezembro anteriores ao dia 19 que foram emitidas com a tributação incorreta (produto tributado sendo vendido como ST).
Como são mais de 2 mil notas seria inviável emitir notas fiscais de ajuste, apesar de ser uma possibilidade.
Alguém já passou por um problema semelhante e poderia me ajudar?