Encerramento de MEI erroneamente e Desenquadramento do SIMPLES

Em 2020 encerrei minhas atividades como MEI. Durante o encerramento do MEI acabei realizando o procedimento de desenquadramento do SIMEI e do SIMPLES erroneamente/equivocadamente, pensando estar dando baixa no CNPJ.  
Até poucos meses atrás acreditava estar tudo certo com a baixa. Só fui constatar este erro recentemente, a partir de cobranças de taxas pela prefeitura. Agora, tenho um CNPJ Ativo e enquadrado em outro regime e preciso dar um jeito de dar baixa nele o quanto antes. Gostaria de viabilizar a possibilidade de reversão deste quadro, com recursos ou coisas do gênero, para tentar minimizar (ou mesmo conseguir as isenções) das taxas e impostos, pois nunca atuei em outro regime, somente tive este equivoco no processo de encerramento do CNPJ.
Já constatei no e-CAC que tenho Intimações por Omissão de Entrega de Declarações durante esse período de 2 anos. 

Bom dia,
Sugiro procurar um contador para auxiliá-lo da melhor maneira possível.

PS: Talvez consiga criar um processo no E-CAC afirmando que houve um equívoco e que não houve qualquer movimentação financeira na empresa durante esse período, e, se possível, comprovar com documentação. Porém aviso que o processo é bem demorado e mesmo assim, talvez não tenha a resposta que você espera, gerando ainda mais débitos. Se você for desenquadrado do simples por omissão de declaração, por exemplo, as multas devido a não entrega das obrigações acessórias serão ainda maiores.