RETENÇÃO DO ISS PELO TOMADOR.

O estabelecimento é domiciliado na cidade de Araguaína-TO e prestou serviços MÉDICOS para o município de ITAPIRA-SP. Foi emitida NF para o pagamento E com a exigibilidade do ISS para o município de Araguaína, obedecendo ao sistema de emissão de NF da prefeitura DE ARAGUAINA, que para atividade de medicina(4.01-MEDICINA) não libera opção para exigibilidade para outro município.

1ªPERGUNTA: Considerando que a NF emitida não permitia a exigibilidade do ISS para outro município(obedecendo até mesmo a LC 116) e ficou constando como exigível para Município da localidade da empresa(ARAGUAINA-TO), mas mesmo assim o tomador de ITAPIRA-SP, na hora de pagar a NF reteve o valor do ISS descontando do valor da NF.
Isso é correto? Pois Eles retendo,  estarei pagando ISS para os dois municípios(Araguaina e Itapira), Sendo tributado duas vezes o ISS, considerando ser Empresa do Simples Nacional. 
Obs: Foi retido o ISS pelo tomador e na NF não consta essa informação, como proceder neste caso?

2ª pergunta: Considerando que ja foi retido ISS pelo tomador, no DAS, para evitara cobrança do ISS de novo, posso informar a opção de ISS tributado em outro município quando for realizar o calculo ? Posso proceder dessa forma, para nao pagar duas vezes ISS.

Informações:
empresa do simples nacional
atividade:Medicina
Lei complementar fala que o ISS é devido para municipio LOCAL DA EMPRESA e nao da onde foi prestado o serviço.

Alguém poderia me ajudar ? como fugir dessa bi tributação? pretendo retirar o ISS da guia do DAS.

Aqui no escritório nós concordamos com sua interpretação da LC 116/2003 no que tange a prestação de serviços médicos. Para contextualizar, esclareço que somos situados em Taubaté/SP, e vários de nossos clientes com sede também em Taubaté/SP prestam serviços para empresas situadas em São José dos Campos/SP. A prefeitura de São José dos Campos também obriga seus tomadores a efetuar a retenção, e obviamente, os prestadores são prejudicados com uma prática inconstitucional da bitributação.

O grande problema é que, em processos administrativos, não conseguimos resolver a situação, então, orientamos as empresas a procurarem assessoria jurídica. Os advogados que as empresas conversaram foram unânimes na interpretação de que o procedimento realizado em São José dos Campos (a cidade dos tomadores) era indevido, e se colocaram a disposição de representar os prestadores na Justiça. Não posso te falar se é uma estratégia que deu certo, pois nenhuma das empresas quis iniciar este processo com medo de retaliação, pois seus clientes, que estavam realizando as retenções de acordo com a norma editada por São José dos Campos, eram hospitais que parte de seu financiamento vinham de recursos públicos.

De qualquer maneira, oriente seu cliente a procurar um advogado tributarista.