Prezada Paula, bom dia!
Sendo este estoque remanescente, proveniente de uma empresa que foi baixada e pertencendo a mesma pessoa que abriu a nova empresa, creio que poderia utilizá-lo como integralização do Capital Social, sendo:
Na Constituição e Subscrição do Capital:
D - (-) CAPITAL À INTEGRALIZAR...............................50.000,00
C - CAPITAL SOCIAL....................................................................50.000,00
Na Integralização do Capital, parte em Recursos, parte em Mercadorias:
D - BANCOS CONTA MOVIMENTO...........................40.000,00
D - ESTOQUE DE MERCADORIAS..............................10.000,00
C - (-) CAPITAL À INTEGRALIZAR................................................50.000,00
Com relação ao seu relato, como a empresa foi baixada, você não poderia emitir documento fiscal para o registro desta operação, pois este, seria posterior a data encerramento do MEI. Talvez, o inventário do encerramento com as notas fiscais da época da compra, comprovando o valor da mercadoria sirva para respaldar o lançamento.