Nota fiscal sem retenções porém, paga como se houvesse.

Boa tarde,
estou fazendo uma contabilidade retroativa, de 2018,de uma empresa do Lucro Presumido e percebi que as notas fiscais de serviço não tem retenção. Mesmo assim o tomador paga o valor reduzindo ISS e IRPJ. 
EX: Nota no valor de R$ 5.313,09, o pagamento foi de R$ 4.967,74; (4% ISS, 1,5% IRPJ). 
Mesmo a retenção não documentada em nota, eu devo reter agora que foi pago dessa forma?
Como eu devo proceder com essa situação, como devo contabilizar?
Desde já, grato pela atenção. 

Caro, 

Primeiro passo é conciliar a contas de impostos retidos e confirmar se não houve o repasse aos cofres públicos,  

Certa do não repasse, e se realmente as NFS são "imunes" das retenções, o correto é efetuar a devolução ao emitente da NFS.

Caso  se verifique a autenticidade das retenções e não houve os repasses, deverá ser feito o repasse com juros e multas ao fisco brasileiro. 

Bons negócios!