Devolução Matriz - CNPJ Filial Baixado

Bom Dia,

Atualmente Matriz e filial situadas no estado de SP, no qual a filial foi baixada o CNPJ/IE.
Possuímos um cliente PF, que quer efetuar a devolução para o CNPJ filial.
Como posso proceder com a devolução na matriz, consigo emitir uma nota de entrada sem ter a referencia ? Acredito que dará a rejeição... não possui nota fiscal referenciada.
Como devo proceder?

Desde já agradeço a ajuda. 

Boa tarde,
Você consegue fazer a NF pela Matriz a apenas referenciar a chave da NF de origem, mesmo que seja de outra filial.
Tivemos um caso assim na devolução para um fornecedor que foi incorporado, emitimos a devolução para nova empresa e mencionamos a chave referencia da aquisição de origem, que era de outra empresa.