Erlanfrank,
No caso do comodatário ele recebe o bem e não paga por ele, mas se obriga a devolver. Portanto, seria razoável contabilizar o direito de uso tendo como contrapartida uma conta de passivo, mas vc pode ter problema no campo tributário. Com efeito, vc teria que baixar o passivo (e, por isso, reconhecer uma receita) e contabilizar uma depreciação pelo tempo do contrato. Se estiver no lucro real não há problema porque a receita anula, para fins fiscais, a amortização. Se for lucro presumido, vc tributará a receita e não deduzirá a amortização.
O preceito que vc citou foi introduzido na Lei 6.404 (art. 179, IV) para permitir a contabilização do arrendamento operacional (CPC 06). O problema que é o comodato não pode ser contabilizado como se fosse um arrendamento porque não há o passivo de arrendamento de que fala o CPC 06.