Bom dia, Colega!
O correto é lançar mensalmente o valor suficiente para que o registro a pagar mensal da estimativa zere e a diferença transferida para o registro anual, pois somente esse pode ter resultado negativo, que seria o Saldo Negativo de IRPJ e CSLL.
Tecnicamente falando o IRRF superior ao montante da estimativa mensal não foi utilizado, ele só pode ser utilizado para formar o saldo negativo no final do ano que é quando há de fato a apuração do IRPJ e não uma estimativa.
Supondo que tenha R$9,00 de débitos todos os meses e R$ 10,00 de IRRF em cada mês, em cada registro N620 de janeiro a dezembro você irá lançar R$ 9,00 de IRRF, e no N630 (anual) você lançara o que não foi aproveitado nos N620 mensais, R$ 12,00, sendo R$1,00 de cada um dos meses. E os R$ 108,00 que foram aproveitados, sendo R$ 9,00 em cada mês, devem estar no campo de pagamento por estimativa no N630.
Assim o preenchimento da ECF deve ser:
N620 mensal terá R$ 9,00 de débitos e R$ 9,00 de IRRF, saldo a pagar 0,00.
N630 anual, terá R$ 108,00 de débitos, R$ 108,00 de pagamento de estimativa (o IR que foi aproveitado), e R$ 12,00 de IR retido (o que não foi aproveitado), resultando em - R$ 12,00 que será o saldo negativo.