capital social x imoveis

Tenho um cliente que tem em cotas do capital social imoveis  ( varios) . Um deles tem  valor de   Ex:  R$ 200.000,00 e vendeu por  Ex: R$ 1.000.000,00 . Como fazer a venda desse  imovel que esta em cotas no capita social ?  Vou dar baixa no capita social de que maneira se o valor foi totalmente diferenre  ente integração do capital e a venda desse imovel.

Se ele tem cotas do capital social então os imóveis estão na empresa
A venda será efetuada pela empresa que vai apurar um lucro. 
Se a empresa está no lucro presumido o imóvel será uma mercadoria e sobre a venda será aplicado o coeficiente presumido
Não há porque mexer no capital social.