ECF - Divergência de CNPJ

Boa tarde, vejam se podem me ajudar em como resolver essa situação. Empresa prestadora de serviços emitiu uma nota fiscal para outra empresa Tomadora, com CNPJ da sede, que foi a contratante. Acontece que a Tomadora efetuou o pagamento da através do CNPJ de uma filial, e enviou a ECF e na DIRF com a informação desse pagamento com o CNPJ da filial. Agora as informações estão divergentes na ECF, DIRF e DCTF de ambas as empresas, pois a prestadora informou no CNPJ do documento fiscal e a Tomadora outro, no CNPJ do pagamento. A Tomadora não quer retificar a declaração por causa de justificativa da saída do valor. Será que eu retifico as informações da prestadora, alterando para o CNPJ que fez o pagamento, mesmo que diferente do documento fiscal?