Distribuição de Lucros Intermediários e Prejuízo Posterior

Existe algum problema quando o aumento de capital é feito com o lucro intercalar e posteriormente no final do exercício social a empresa tem prejuízo?

Bom dia !
Sim, problema muito sério - risco alto de autuação pelo fisco.
Sempre vejo colegas usando lucros intermediários, seja pra distribuir ou aumentar capital e o risco é muito grande, como agora no seu caso. Se não há lucros, não há capitalização ou distribuição de lucros.
Nesse caso, entendo que deverá ser feita uma re-ratificação da alteração contratual, alterando a forma do aumento de capital de lucros para aporte em dinheiro.