Sim, é recomendável e, na maioria dos casos, necessário emitir dois alvarás distintos — um para a lanchonete no 2º andar e outro para o quiosque no térreo, ainda que ambos façam parte da mesma concessão pública, especialmente quando se trata de áreas com acessos, finalidades ou estruturas físicas separadas, mesmo que operadas sob o mesmo CNPJ.
Segundo as normas municipais geralmente aplicáveis (variando por município, mas com base em leis como o Código de Posturas Municipal e Lei de Liberdade Econômica – Lei nº 13.874/2019), o alvará de funcionamento deve estar vinculado ao endereço e estrutura física específica do ponto de atividade econômica. Assim, se os espaços são fisicamente independentes, mesmo que complementares, é exigido um alvará para cada ponto de operação.
Além disso, considerando que se trata de uma operação em órgão público por meio de licitação, o órgão gestor (ou contratante) poderá impor requisitos adicionais de segurança, vigilância sanitária, acessibilidade e regularidade documental em cada ponto, o que reforça a necessidade de alvarás separados.
Portanto, a melhor prática jurídica e administrativa é requerer os dois alvarás, garantindo conformidade com as normas municipais e segurança na fiscalização.