Bom dia Rafael,
Cada empresa (CNPJ) deverá absorver seus custos, cabendo a empresa em questão emitir - desde que não seja obrigada a emissão de Nota Fiscal - Nota de Débito com valor correspondente aos custos em questão.
Em obediência ao Artigo 217 do RIR/1999 que determina que "além das demais hipóteses de inidoneidade de documentos previstos na legislação, não produzirá efeitos tributários, em favor de terceiros interessados, o documento emitido por pessoa jurídica cuja inscrição no CNPJ tenha sido considerada ou declarada inapta (Lei No 9.430, de 1996, art. 82)." esta Nota de Débito deverá obrigatoriamente constar o CNPJ, Endereço e Inscrição estadual (se for o caso) de ambas empresas.
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