Amauri,
Não sei lhe informar quanto à legislação do seu municipio, mas geralmente nas legislações municipais tem um livro chamdo Entrada de Serviços que deve ser escriturado para controlar tais operações por estabelecimento. Se for o seu caso, deve-se emitir a nota pelo estabelecimento. Além disso, as notas fiscais tanto de serviços como de revenda de produtos devem ser emitidas no local onde houve a operação de compra/venda. Quanto à contabilização de filiais, pode-se fazer individualizada, sendo que você deverá manter uma conta de estoque para cada filial, assim como as despesas e receitas, ou contabilizar de forma centralizada na matriz. Entretanto, para atendimento à legislação fiscal você deverá apresentar inventário individualizado, ou seja, cada loja deverá fazer suas operações de compra e venda individualizada. Cada filial deverá emitir suas notas fiscais, bastando nestes casos, fazer transferencias de mercadorias entre as lojas.
Porém com notas fiscais eletronicas e sistemas integrados é possivel emitir notas fiscais remotamente.
É interessante conversar com o seu suporte de informática tb para ajudar nesta operação.
Espero ter contribuido.