Cilene,
Pelo meu entendimento, a contabilidade da empresa deve ser única e, contemplada com todos os estabelecimentos.
O único motivo que entendo que possa gerar seu questionamento quanto a Contabilização da baixa, seria com relação às contas analíticas que, por ventura, se referenciem apenas a essa filial. Nesse caso, creio que deva zerar essas contas com contrapartida em uma conta genérica.
Exemplo:
Caso haja saldo em caixa da filial "X" de R$ 1.000,00, e tal quantia seja transportada para o caixa da Matriz:
D- Caixa Matriz (AC) 1.000,00
C- Caixa Filial "X" (AC) 1.000,00
Dessa forma, se analisar o balancete, verá que suas disponibilidades não se alterarão. Apenas será transferido o saldo de um caixa para o outro.
Sendo assim, sugiro que tal procedimento acima seja adotado para todos os demais bens, direitos, e obrigações da empresa.
Abraço!
Daniel Portella