A informação confere! Alterando o porte da empresa para EPP ou ME, a empresa se resguarda na lei 123 do Simples Nacional, que libera empresas desses portes de apresentarem certidões negativas para alterações e até baixa.
Quanto a tributação, não necessariamente ela deva mudar... Isso porque, você, após enquadrá-la na JUCESP e fazer a alteração de sócios, pode não dar andamento nos outros órgãos quanto a esse enquadramento. O porte da JUCESP não precisa ser necessáriamente o mesmo da Receita Federal e do Estado.
Abração!
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