Boa noite Genildo,
A duas Drogarias (Drogaluz e Paraiso) são empresas diferentes, personalidades jurídicas e CNPJs diferentes, logo não há como (juridicamente) uma ser filial da outra.
Como próprio nome sugere as filiais nada mais são do que "ramificações" da matriz que responderá por todas como se uma só fosse, tanto assim é que os tributos federais (por exemplo) devem ser recolhidos de forma centralizada, pela Matriz.
No mesmo conceito devem ser consolidadas todas as demonstrações contábeis, porque como já disse, trata-se de uma única empresa (matriz) com várias filiais.
Face ao exposto, o correto seria abrir esta "terceira empresa" como filial de uma das duas já existentes (a Drogaluz, por exemplo) e futuramente a matriz comprar os ativos da Paraiso para abertura de uma segunda filial.
Uma vez que o total da receita bruta acumulada anualmente na Matriz (com suas filiais) não ultrapasse os limites permitidos na sistemática do Simples Nacional, pode perfeitamente aderir ao sistema.
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