Aconselho a você instruir a empresa a passar a emitir NF para as operações dela, não preciso lembrar que vender mercadoria sem o respectivo documento fiscal pode acarretar à Sonegação de Impostos caso entre em fiscalização. Neste caso sua obrigação é alertar a ele sobre sua operacionalidade de modo indevido. Já se seu cliente foi devidamente avisado por escrito e esteja ciente do que pode acontecer, um modo simples de controle seria através de ficha de controle de estoque, o que tem fisicamente + o que é comprado dentro do mês (-) o saldo de contagem fisica no fim do mês. Vale alertar que é trabalhoso e errado este método de controle e ajuste de estoque.