Daniela,
Como você disse a Empresa A está com saldo negativo, portanto foi usado o dinheiro da A para pagar contas da Empresa B, certo?
Porém a contabilização deve ser distinta, pois se você precisou do Caixa da A é porque lá deveria ter recurso, senão deve rever todo o movimento da conta Caixa e verificar o por quê disso. Espero que tenha me compreendido, pois são duas questões:
1° Ao pagar as contas da Empresa B pela A, esta deverá ter saldo em caixa para isso.
2° A contabilização deverá gerar um crédito da empresa A com relação a B, e na empresa B, gera uma obrigação a pagar. Se estiver em nome da própria empresa, será de PJ para PJ.
Espero ter ajudado