Bom dia Fernando!
Quanto ao estoque, estas baterias irão compor normalmente, o que poderá ser feito é a divisão em sub títulos: Mercadorias Para Revenda Novos, Usados, Sucatas.
Enfim, a classificação pode ser feita de forma a demonstrar os grupos de mercadorias existentes.
Na contabilidade irá apresentar a totalização do valor do Estoque.
Quanto à entrada e saída já dissemos acima, devem ser emitidas notas de compra (entrada) quando se adquire de pessoa física e as saídas como revenda normalmente.
Agora, a tributação nas saídas que você precisa pesquisar aí no Rio G. do Sul, porque tem um tratamento diferenciado, aqui em São Paulo esta saída é isenta:
RICMS 2000 - Atualizado até o Decreto 58.090, de 29-05-2012
ANEXO I - ISENÇÕES
(isenções a que se refere o artigo 8º deste regulamento)
Artigo 119 (PILHAS E BATERIAS USADAS) - Saída de pilhas e baterias usadas, após seu esgotamento energético, que contenham em sua composição chumbo, cádmio, mercúrio e seus compostos, com a finalidade de reutilização, reciclagem, tratamento ou disposição final ambientalmente adequada (Convênio ICMS-27/05). (Artigo acrescentado pelo Decreto 49.709 de 23-06-2005; DOE 24-06-2005; efeitos a partir de 25-04-2005)
§ 1° - Não se exigirá o estorno do crédito do imposto relativo às mercadorias beneficiadas com esta isenção.
§ 2° - Para efeito do disposto no "caput", o estabelecimento destinatário deverá:
1 - emitir, diariamente, Nota fiscal para documentar o recebimento de pilhas e baterias, quando o remetente não for contribuinte obrigado à emissão de documento fiscal, consignando no campo "Informações Complementares" a seguinte expressão: "Produtos usados isentos do ICMS nos termos do artigo 119 do Anexo I do RICMS";
2 - emitir Nota fiscal para documentar a remessa dos produtos coletados aos respectivos fabricantes ou importadores ou a terceiros repassadores, consignando no campo "Informações Complementares" a seguinte expressão: "Produtos usados isentos do ICMS nos termos do artigo 119 do Anexo I do RICMS".
NOTA - V. PORTARIA CAT - 47/05, de 14/06/2005. Dispensa a emissão de Nota Fiscal relativa à coleta, armazenagem e remessa de baterias usadas de telefone celular promovidas por intermédio da SPVS - Sociedade de Pesquisa em Vida Selvagem e Educação Ambiental.
Fonte: info.fazenda.sp.gov.br
Creio que todos os Estados devem contemplar tratamento similar.
Abraços