Eduardo, quando você faz o lançamento citado acima, você irá debitar uma conta de resultado de despesas com depreciação, e em contra partida, creditar uma conta do ativo com Depreciação Acumulada, diminuindo assim seu ativo. A conta de depreciação dentro do Ativo Não Circulante (ANC) irá reduzir o valor do bem do ativo. O valor histórico do ativo, que seria o custo de aquisição, não irá mudar, entretanto a conta de depreciação acumulada dentro do AÑC irá reduzir o valor da depreciação dentro do seu ativo conforme explicado pelo Diego Oliveira
1.2.02.01.000 - IMOBILIZADO
1.2.02.01.001 - Máquinas e Equipamentos 100,00
1.2.02.09.000 - DEPRECIAÇÃO ACUMULADA
1.2.02.09.001 - (-) Máquinas e Equipamentos (100,00)
Ficaria conforme o exemplo acima.