Primeiro de tudo vamos fazer um breve comentário. É de praxe as empresas ao constituires filias, atribuirem um valor para o capital daquela filial, por exemplo, o capital da sociedade é de R$ 50.000,00, no ato de constituição da filial lhe é atribuido um capital no valor de 10% do capital da empresa. Nesse caso, não houve alteração do patrimonio nem para mais nem para menos e conseguinte não há necessidade de fazer nenhum tipo de lançamento na contabilidade referente ao capital da filial, uma vez que não houve ingresso de novos recursos, de repente pode ser este o caso dessas suas filiais.
Bem, não sendo o caso, ai sim podemos a começar a ficar preocupados, mas só depois que você verificar isto Ok? fico no aguardo.