Elenice,
Em particular você não poderia demitir, mas o fez, apenas para destacar, o pagamento da estabilidade não o exime de exigir o retorno ao trabalho em uma possivel ação trabalhista. Mas procedendo a sua pergunta acredito que deva pagar a mais longa, ou seja, a mais favoravel ao colaborador. Pague a estabilidade mais longa, o valor mensal é igual, o que muda é prazo, logo, pague o mais longo.
Isso é muito perigoso, quando acabar esse dinheiro ele vai querer mais. aconselharia dar licença remunerada, manda pra casa e paga o salário mensalmente até acabar a estabilidade.