Pode parecer CNPJs distintos, mas com a mesma raiz, então seriam matriz e filial.
COntudo, se não tem a mesma raiz, são empresas independentes, e neste caso há de se ter cuidado para observar se ambas compõe um mesmo grupo econômico. Caso não sejam a transferência será ilegal. Para ter certeza vc tem de confirmar com o(s) Contador(es) da(s) empresa(s) para saber se são ou não um mesmo grupo econômico.
Quanto a sua pergunta, Diego: ".... é que ser não houve mudança de domicilio do funcionário, mais houve a mudança de empresa, isso e considerado uma transferência mesmo? "
Creio que vc está confundido a transferência do empregado de localidade com transferência de empresa (responsabilidade do empregador). Uma nada tem com a outra, são coisas distintas.
Espero ter ajudado.