O intervalo intra jornada não pertence ao empregador para que ele o desconte do empregado. Quanto a ter horário de almoço neste caso é irrelevante visto que a funcionário iniciou sua jornada após o que seria seu intervalo.
O que pode o empregador fazer nessa situação é estabelecer regras quanto a poder ou não o empregado assumir suas funções quando inicia a jornada com atraso, há empresas que não admite o ingresso do emprego na empresa se o atraso for 1h.
Quanto a seu questionamento, Katia, o empregador deve seguir o que determina a Lei, assim, se o atraso do empregado reduz sua jornada a 7hs/dia, a ele ainda é devido o intervalo mínimo de 1h, se a jornada totaliza 6hs, o intervalo é de 15min pelo menos, se menos de 4hs, então ele não teria direito ao intervalo. Isso se o empregador permite que o empregado atrasado assuma suas funções.