Sineir Marcos
Prata DIVISÃO 5 , Contador(a)César, acho que não vai dar problema.
Entendendo as versões: conta-se por CNPJ/Certificado responsável pelo envio num mesmo dia. Logo arquivos de CNPJ/Certificado diferentes terão o mesmo nome iniciando em S00 (ou 01, não sei ao certo, rsrsrs).
Talvez seu sistema esteja contando todos arquivos, sem distinção, o que acho que que não tem problemas (como disse atras).