Lucas,
Eu também vivencio situações assim no dia a dia quando estou apontando cartões de ponto.
Neste caso acho que deve haver um bom senso na hora de tomar alguma atitude.
Se você for analisar o funcionário não descumpriu o seu horário de intervalo, porque o mesmo usufruiu de 1 hora de intervalo, mas levando-se em conta que o mesmo tem um horário programado em contrato de trabalho, acredito que você deva reorientar o funcionário para que usufrua do seu horário de intervalo no horário estipulado em contrato. Se o funcionário declarar que o horário das 12 às 13 é melhor para ele e você estiver de acordo, porque o horário programado em si nada interfere na qualidade do serviço, acho que você deve apenas fazer um aditivo no contrato de trabalho fazendo esta alteração para que tudo fique legalizado e documentado.
Mas aí cabe a você como empregador estar de acordo com isso. Caso não haja acordo, o funcionário é que tem que se sujeitar aquilo que foi estipulado em contrato.
Após tudo isso ser conversado com sensatez e ainda assim o funcionário continuar fazendo o seu horário de intervalo por conta própria sem autorização da empresa, cabe a empresa advertí-lo para que respeito o horário estabelecido em contrato.
Resumindo é uma situação simples que com uma boa conversa tudo se resolve sem precisar chegar a extremos.