Deyse, boa tarde.
Tratar como falta, não, afinal o empregado(a) trabalhou.
Ocorrendo o esquecimento do empregado em marcar o ponto, a empresa deverá adotar um documento de ocorrência interna, na qual o empregado comunica, por escrito, seu esquecimento para justificar o não desconto do dia, tendo em vista que o mesmo trabalhou de fato, sendo respeitado o principio da primazia da realidade.
Se o empregado não vem cumprindo com suas obrigações oriundas de referido contrato (marcação de ponto inclusive), a empresa aplique uma advertência verbal, 03 advertências por escrito e duas suspensões, até chegar a justa causa, deixando claro que se deve observar o critério de reincidência, ou seja, mesmo motivo e imediatismo na aplicação de todas as penalidades acima.
Não obstante, a justa causa trata-se de medida que deverá ser comprovada pelo empregador, sua justificativa e validade, quando de processo judicial, desta forma cautela para sua aplicação.