Diego, boa tarde!
A gestante possui estabilidade conforme dispositivo constitucional. Algumas categorias, preveem mais de 120 dias de licença conforme acordo em Convenção Coletiva da Categoria.
Porém, a gestante pode ser desligada, desde que se pague o período que ela possui de estabilidade, ou seja, até o prazo final da sua estabilidade.
Recomendo a leitura da C.Coletiva da categoria e regras da Constituição Federal (arts. 10, II da ADCT).
O que a empresa pode fazer é o envio de telegramas, solicitando o comparecimento no prazo de 48 horas, lembrando-a que o não comparecimento para justificativa das faltas ocorridas no prazo superior a 30 dias, enseja o desligamento por justa causa.
Envie pelo menos 3 telegramas - um em cada semana, sempre com confirmação de entrega.
Após, faça a publicação em jornal de grande circulação e guarde no prontuário da colaboradora.
Se, após todo este período e procedimentos acima descritos, a gestante não comparecer (e tiver recebido os telegramas), a justa causa é plenamente aplicável.
A reclamação trabalhista a empresa pode sofrer, contudo, vocês fizeram os passos de comunicação e atendimento a legislação.
Espero ter ajudado,