Enio vamos lá...
Na ocorrência de afastamento por auxílio-doença ou auxílio-doença acidentário, os primeiros quinze dias deverão ser de responsabilidade da empresa, que deverá, portanto, efetuar o pagamento integral deste período. Entretanto, na hipótese de o término do contrato vir a acontecer neste período (primeiros quinze dias de afastamento), a rescisão far-se-á normalmente, encerrando-se a relação de emprego exatamente no dia previsto para o término.
Na ocorrência de afastamento por auxílio-doença ou auxílio-doença acidentário em que os primeiros quinze dias não forem suficientes para que se alcance a data prevista para o término do contrato, há que ser observado o seguinte:
a) auxílio-doença - o contrato ficará suspenso a partir do 16º dia de afastamento, devendo o empregado, quando de seu retorno, trabalhar os dias que faltaram para término do contrato.
Precisa ver exatamente qual o seu caso...
http://www.sincoomed.com.br/informativo_detalhes.asp?id=28Att,