Pamela,
houve uma situação parecida em minha empresa, a sra afastada resolveu retornar sem passar pela perícia, orientamos que fosse diretamente ao INSS e formalizasse com eles, depois passou pelo nosso médico e assinou um termo para o retorno, poucos meses depois, novos atestados que cumulados davam direito ao afastamento, encaminhamos para a perícia, ela ficou com o contrato suspenso e tentou por 4 vezes seguidas, mesmo apresentando laudos médicos completos, foram sempre indeferidas, ou seja, ela acabou se prejudicando.
Informe isso ao seu funcionário e deixe claro que, você como empresa não é responsável e, caso ele realmente queira, deverá seguir todos os procedimentos.
Att.