Abelardo, para que não seja caracterizado salario in natura, a empresa precisa esta cadastrada no PAT
O valor do desconto não poderá ultrapassar a 20% do CUSTO DA REFEIÇÃO.
Acesse o link abaixo, vai te ajudar.
http://www.granadeiro.adv.br/template/template_clipping.php?Id=1558
Deverá ser observado a Convenção C.Trabalho, pelo que você informou e de até 4% do salario base, mas deverá verificar se esse limite não ultrapassa os 20% do custo da refeição (nesse caso a empresa fornecedora deverá te fornecer).
Exemplo:
Custo da Refeição diária = R$ 10,00 x 20% = 2,00 x 20 dias uteis = 40,00.
Salario Base = R$ 2.000,00 x 4% = 80,00
Nesse exemplo o desconto pelo salario base está infringido a legislação (pat).
Sugiro então que FIXE um desconto mensal aqueles que utilizam do beneficio e aumente quando houver o aumento da refeição, ok..