Wilke, qual e o horário de trabalho?
Se e das 08h00 às 18h00, com intervalo para refeição das 12h00 às 14h00.
Então o atraso a ser considerado e os das entradas, ou seja
O empregado entrou as 08h06, então atraso de 06 minutos
Depois retornou do almoço às 14h06, então atraso de 06 minutos.
Totalizando 12 minutos.
Se você considerar os minutos a mais, da saida do almoço e saida do fim do expediente, então não há atraso, ou seja, ele compensou o atraso da entrada(08h06) na saída do expediente (18h06), e compensou o atraso do retorno(14h06) do almoço na saida(12h06) do almoço.
Ai vai depender da empresa, se irá considerar ou não.
Como te disse antes, eu particularmente não considero os minutos excedentes do retorno do (almoço) e nem o da saída.
Isso porque o empregado sabe e esta ciente do horário a ser cumprido.