Boa tarde, Thamiris!
Porque ele gozou só 20? A empresa está errada... Em qualquer ação trabalhista tenho CERTEZA que este funcionário vai receber essas férias em dobro.
Uma maneira de "resolver" o seu problema agora é não deixar o funcionário registrar ponto esses 10 dias, e deixar no sistema como se ele estivesse de férias os 30.
Para "indenizar" o funcionário, você pode optar por duas maneiras: 1) pagar os 10 dias de salário que ele vai trabalhar a mais, fora do sistema ou; 2) deixar que o funcionário "folgue" esses 10 dias durante o ano, como se estivesse gozando as férias.
Ressalto que mesmo se agir conforme disse acima, a empresa continua errada, e o funcionário terá direito a receber as férias em dobro na justiça.
Sugiro que você oriente a empresa a não deixar isso acontecer novamente, já que essa é uma causa ganha na justiça do trabalho (além de gerar multa em uma possível fiscalização).
Espero ter ajudado.