Nubya,
Acredito que a sua dúvida seja apenas da obrigatoriedade em função do regime tributário, mas segue abaixo o primeiro e importante passo para concessão do VT.
Na ocasião da admissão o funcionário vai optar por receber ou não o VT. Portanto tenha esse formulário, já que ele é a prova da opção ou não.
A questão VT é sempre um caso de opção (pelo funcionário j não de necessidade, já que VT não é beneficio e sim direito trabalhista, embora seja administrado pelo depto. de benefícios.
Lembrando que em caso de faltas no mês, você pode fazer o desconto do você pode fazer o desconto no mês seguinte.