Renato, bom dia.
Isso acontece.
Sugiro que comunique a todos os empregados;(Informamos à todos os empregados(a) que não foi descontado na folha de Janeiro/2015, (pago em 05.02) o valor do Vale Transporte, sendo que o mesmo será descontado na folha de Fevereiro de 2015, a ser pago em 05 de Março, na verba - Vale Transporte do mês Anterior).
Assim, todos estarão cientes.
Na folha de fevereiro precisar constar as duas verbas, para que não haja problema no futuro, tipo (valor do desconto acima do permitido)
Exemplo
Vale Transporte ..................R$......
Vale Transp mês Anterior....R$.....
Lembrando que deverá avisar a contabilidade para que a mesma esteja ciente que foi criado um verba de crédito(contabilidade) e débito(follha de pagamento) referente ao Vale Transporte de Janeiro, se possivel faça por escrito e protocole(anexando o comunicado aos empregados), menciono isso se a contabilidade for externa.